Musim pertama dari film thriller psikologis yang diangkat dari trilogi novel karya Blake Crouch dan diproduksi oleh M. Night Shyamalan ini bermula dengan agen dinas rahasia AS Ethan Burke yang terbangun dari kecelakaan mobil dan terjebak di kota Wayward Pines, Idaho yang tampak indah namun sebenarnya berbahaya. Segera menjadi jelas bahwa desa terpencil di barat laut ini benar-benar mustahil untuk ditinggalkan. Telepon tidak dapat digunakan untuk melakukan panggilan keluar, desa ini dikelilingi oleh pagar listrik dan penghuninya selalu diawasi oleh kamera. Tidak seorang pun boleh membicarakan masa lalu atau mempertanyakan masa kini. Dan siapa pun yang mencoba melarikan diri akan dihukum melalui eksekusi publik yang disebut perhitungan. Dengan riwayat penyakit mental dan halusinasi, Ethan mulai mempertanyakan kewarasannya sendiri saat menyelidiki komunitas yang erat ini, yang meliputi sesama agen dan mantan kekasih Kate Hewson, yang berpura-pura menjadi istri Stepford untuk memastikan keselamatannya. Tak lama kemudian, Ethan bertemu kembali dengan istrinya Theresa dan putranya Ben, tetapi sekarang mereka juga terjebak di tempat ini di mana tidak ada yang seperti kelihatannya dan tidak ada seorang pun yang dapat dipercaya.