Seorang bioarkeolog muda, Yukisuke, tertarik pada seorang gadis bernama Koyomi, yang mengelola sebuah kedai kecil kue taiyaki yang sering dibelinya. Akan tetapi, Koyomi dirawat di rumah sakit karena kecelakaan mobil pada suatu hari hujan setelah mereka pergi bersama, dan bangun dengan kehilangan ingatan jangka pendek, di mana ia tidak dapat mengingat apa pun selain hari ini. Yukisuke mencoba untuk hidup dekat dengannya seperti sebelumnya, tetapi kurangnya ingatan kolektif mulai mengejutkannya.