Dunia digital menjadi begitu padat penduduknya sehingga komputer super yggdrasill yang menguasai dunia digital tidak dapat lagi mengatasinya. Solusinya adalah proyek ark: untuk memusnahkan sebagian besar penduduk dengan program x. yggdrasill memilih persentase yang sangat kecil untuk dipindahkan ke dunia digital baru dan kemudian menghancurkan yang lama. Beberapa digimon yang tidak dipilih tetap bertahan hidup, dan mereka pindah ke dunia baru dengan hadiah langka yang dikenal sebagai antibodi x; antibodi ini mengubah penampilan mereka dan membuat mereka lebih kuat, sementara pada saat yang sama membuat mereka kebal terhadap program x. Tidak lagi memegang kendali, yggdrasill menggunakan ksatria kerajaan untuk menghancurkan x-digimon ini, yang terbuang di dunia digital baru.