Tiga tahun setelah peristiwa battle royale pertama, Shuya Nanahara kini menjadi teroris terkenal di dunia yang bertekad menjatuhkan pemerintah. Kelompok terorisnya, Wild Seven, melancarkan serangan yang menghancurkan beberapa gedung di Tokyo pada hari Natal dan menewaskan 8.000 orang. Agar pemerintah dapat mempelajari manfaat “kerja sama tim”, para siswa baru bekerja secara berpasangan, dengan kerah yang terhubung secara elektronik sehingga jika salah satu dari mereka terbunuh, yang lain juga akan mati. Mereka harus membunuh Nanahara dalam tiga hari – atau mati.