Lahir dari bunga dan tumbuh hanya beberapa inci tingginya, Thumbelina yang malang khawatir dia tidak akan pernah bertemu seseorang seukurannya, sampai dia secara tidak sengaja menarik perhatian Pangeran Cornelius dari para peri. Namun, tepat setelah dia menemukan cinta, cinta itu direnggut darinya ketika dia diculik oleh Nona Kodok. Sekarang Thumbelina harus melarikan diri dari cengkeraman Nona Kodok dan mencari Pangeran Cornelius. Untungnya, ada seluruh kota hewan yang bersedia membantunya.