Pertengahan Desember, dan kepala Brigade SOS, Haruhi Suzumiya, mengumumkan bahwa brigade akan mengadakan pesta Natal di ruang klub mereka, dengan hotpot Jepang untuk makan malam. Anggota brigade Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina, dan Itsuki Koizumi mulai mempersiapkan segala sesuatunya untuk pesta, seperti kostum dan dekorasi. Namun, beberapa hari kemudian, Kyon tiba di sekolah dan mendapati Haruhi hilang. Bukan hanya itu, Mikuru mengaku tidak pernah mengenal Kyon sebelumnya, Koizumi juga hilang, dan Yuki telah menjadi satu-satunya anggota klub sastra. Brigade SOS tampaknya tidak pernah ada, begitu pula Haruhi Suzumiya. Tidak seorang pun di sekolah yang pernah mendengar tentangnya… kecuali Kyon.