Setelah menetap di Green Hills, Sonic ingin membuktikan bahwa ia punya kemampuan untuk menjadi pahlawan sejati. Ujiannya datang saat Dr. Robotnik kembali, kali ini dengan partner baru, Knuckles, untuk mencari zamrud yang punya kekuatan untuk menghancurkan peradaban. Sonic bekerja sama dengan sahabat karibnya, Tails, dan bersama-sama mereka memulai perjalanan keliling dunia untuk menemukan zamrud sebelum jatuh ke tangan yang salah.