Sel-sel eksperimental yang tidak aktif mulai terbangun di dalam tubuh manusia yang menjadi inangnya, mengubah mereka menjadi makhluk yang disebut “amazon”. Dua orang amazon, Jin Takayama dan Haruka Mizusawa, berubah menjadi Kamen Rider Amazon Alpha dan Amazon Omega, yang bertujuan untuk membasmi ancaman yang semakin besar.