Seorang pria bernama Shoichi Tsugami telah kehilangan ingatannya. Dia tidak tahu siapa dirinya, dari mana asalnya, atau bagaimana dia bisa mengalami keadaan aneh ini. Tsugami, tanpa alasan yang jelas, berubah menjadi manusia super yang kuat, Agito, setiap kali berada di hadapan makhluk yang disebut oleh polisi sebagai “Unknown”, ras monster kuat yang telah menyebabkan pembunuhan di sekitar Tokyo, menargetkan orang-orang tertentu sebagai mangsanya. Sebagai tanggapan, departemen kepolisian melepaskan senjata terbaru mereka: Powersuit G3. G3 dan Agito tidak tahu apakah mereka harus bergabung dan mengalahkan Unknown, musuh bersama mereka, atau untuk saling bertarung, menjaga misteri yang mengikat mereka tetap terpisah. Akhirnya, lebih banyak misteri terungkap, dengan munculnya Kamen Rider Gills, yang sedang mencari untuk mengungkap mengapa ayahnya bunuh diri. Misteri-misteri ini dan yang lainnya bertabrakan, karena sifat asli Agito pada akhirnya akan menentukan nasib umat manusia.