Kiruru yang lain muncul di Pasifik Selatan, tetapi dikalahkan oleh dua entitas tak dikenal yang tampak seperti orang Keronia, dengan perbedaan yang kentara. Sementara itu, Keroro dan gengnya melakukan perjalanan yang disponsori oleh Momoka ke sebuah pulau pribadi. Di sana, seorang alien bernama Meru, yang mengaku sebagai pangeran laut dalam, menangkap mereka, dan bermaksud menjadikan Natsumi sebagai putrinya, dan mereka telah menangkap Keroro, yang memohon kepada mereka untuk membantu peleton Keroro, tetapi malah diusir.