Kenshin telah menjalani kehidupan barunya bersama Kaoru dan teman-temannya saat ia mendapat permintaan dari pemerintah Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh seperti Kenshin, dikhianati, dibakar, dan ditinggalkan dalam keadaan hampir mati. Ia selamat dan kini berada di Kyoto, berkomplot dengan para prajuritnya untuk menggulingkan pemerintahan baru. Bertentangan dengan keinginan Kaoru, Kenshin dengan berat hati setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu menjaga negaranya agar tidak kembali terjerumus dalam perang saudara.