Mengikuti perubahan alam semesta yang dilakukan Madoka, mengorbankan dirinya dan hari-hari normalnya yang bahagia untuk menyelamatkan semua gadis penyihir dari nasib kejam yang menunggu mereka dengan memusnahkan para penyihir, keputusasaan masih terwujud dalam bentuk makhluk yang dikenal sebagai mimpi buruk. Gadis penyihir Homura Akemi terus berjuang sendirian dengan harapan dia akan dapat melihat Madoka tersenyum lagi.