Agar dapat lolos dari pemburu pokemon yang rakus, Celebi harus menggunakan sisa energinya untuk melakukan perjalanan melintasi waktu hingga ke masa sekarang. Celebi membawa serta Sammy, seorang anak laki-laki yang selama ini berusaha melindunginya. Bersama Ash, Pikachu, dan anggota geng lainnya, Sammy dan Celebi harus menghadapi musuh yang jauh lebih hebat daripada si pemburu, dengan nasib hutan yang dipertaruhkan.