Setelah menyadari nilai kehidupan dan pentingnya sekutu-sekutunya sendiri, Makoto akhirnya mendapatkan kembali senyumnya. Saat musim semi berganti musim panas, ia mendapati dirinya belajar lebih banyak tentang kawan-kawan itu dan semakin dekat dengan mereka. Ia bahkan bertemu teman-teman baru, termasuk Aegis, android anti-bayangan, Ken, seorang siswa sekolah dasar yang berusaha membalas dendam untuk mendiang ibunya, dan Koromaru, seekor anjing yang dapat menggunakan persona. Makoto berharap semuanya akan terus berlanjut seperti semula. Namun, sedikit demi sedikit, bagian-bagian dan orang-orang dalam kehidupan baru Makoto yang bahagia mulai berantakan, dan ia dipaksa untuk menderita kehilangan yang menyertainya.