Ceritanya berpusat di sekitar Negi Springfield, seorang penyihir berusia sepuluh tahun dari Wales, yang bermimpi menjadi magister magi seperti ayahnya yang hilang, seorang penyihir istimewa yang menggunakan kekuatannya untuk membantu orang-orang normal, menggunakan kedok seperti bekerja untuk LSM. Awalnya ditunjuk sebagai guru bahasa Inggris di Akademi Mahora di Jepang, ia menjadi guru untuk kelas sekolah menengah yang beranggotakan 31 gadis yang lebih tua. Namun, kehidupan sekolah yang damai dengan cepat terganggu ketika orang-orang dari masa lalu ayahnya muncul dan Negi harus membuat kontrak dengan berbagai siswa untuk mengatasi bahaya baru. Akhirnya ia memulai perjalanan ke dunia sihir bersama dengan rekan-rekannya untuk menemukan ayahnya yang telah lama hilang. Film ini adalah klimaks dari petualangan mereka yang digambarkan dalam Shiroki Tsubasa Ala Alba dan Mou Hitotsu no Sekai OVA.