Alex, Marty, dan hewan-hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit kembali pesawat yang rusak. Pesawat yang diperbaiki dengan susah payah itu tetap mengudara cukup lama untuk mencapai benua Afrika. Di sana, para penduduk New York bertemu dengan anggota spesies mereka sendiri untuk pertama kalinya. Afrika terbukti sebagai tempat yang liar, tetapi Alex dan rekan-rekannya bertanya-tanya apakah tempat itu lebih baik daripada rumah mereka di Central Park.