12 tahun yang lalu, kecelakaan di kota fajar mengubah dunia dan membawa kemakmuran baru menuju kecerdasan buatan. Namun, bagaimana jika semuanya berubah? Sougo Tokiwa menyerahkan penaklukannya untuk mendapatkan kekuasaan setelah ia memilih untuk mengatur ulang dunia dan menjalani kehidupan yang biasa-biasa saja. Namun, sebagai seorang penjelajah waktu yang mulai mengubah sejarah sekali lagi, Sougo terpaksa mengambil peran sebagai Kamen Rider Zi-O sekali lagi, saat ia bertemu Aruto Hiden, pengendara asli dunia yang harus ia selamatkan. Ini adalah kisah tentang dua Kamen Rider dari dua dunia yang berbeda, yang pertarungannya bersama-sama pada akhirnya akan menentukan nasib semua realitas.