Morioh, 1999—kota yang biasanya tenang dan damai baru-baru ini menjadi sarang aktivitas aneh. Jōtarō Kūjō, sekarang seorang ahli biologi kelautan, menuju kota misterius itu untuk bertemu Jōsuke Higashikata. Meskipun keduanya mungkin tampak seperti orang asing pada awalnya, Jōsuke sebenarnya adalah anak haram dari kakek Jōtarō, Joseph Joestar. Ketika mereka bertemu, Jōtarō menyadari bahwa ia mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jōsuke daripada sekadar hubungan darah. Bersama dengan Kōichi Hirose yang santun dan Okuyasu Nijimura yang riuh, kelompok itu mendedikasikan diri mereka untuk menyelidiki penghilangan baru-baru ini dan kejadian mencurigakan lainnya di Morioh. Dibantu oleh kekuatan Stand, keempat pria itu akan menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena terserah kepada mereka untuk mengungkap rahasia kota, sebelum yang lain terjadi.