Munich, Jerman, 1923. Dua tahun telah berlalu sejak Edward Elric terseret dari dunianya sendiri ke dunia kita, meninggalkan negaranya, teman-temannya, dan adik laki-lakinya, Alphonse. Setelah kehilangan kekuatan alkimianya, selama ini ia meneliti peroketan bersama Alphonse Heiderich, seorang pemuda yang mirip dengan saudaranya sendiri, yang berharap suatu hari dapat menemukan jalan pulang. Usahanya sejauh ini terbukti sia-sia, tetapi setelah membantu seorang gadis gipsi yang bermasalah, Edward terjebak dalam serangkaian kejadian yang dapat mendatangkan malapetaka di kedua dunia. Sementara itu, di dunianya sendiri, Alphonse Elric menjelajah lebih dalam ke misteri alkimia untuk mencari cara agar dapat bersatu kembali dengan kakak laki-lakinya.