Flying Swords of Dragon Gate berlatar tiga tahun setelah Dragon Inn yang terkenal itu terbakar di padang pasir saat pemilik penginapannya, Jade, menghilang. Sekelompok perampok baru telah mengambil alih – pemilik penginapan di siang hari dan pemburu harta karun di malam hari. Penginapan itu dikabarkan menjadi lokasi kota hilang yang terkubur di bawah padang pasir, dan harta karun tersembunyinya hanya akan terungkap oleh badai dahsyat setiap 60 tahun. Geng itu menggunakan penginapan itu sebagai kedok untuk menemukan harta karun yang hilang.