Ini adalah tahun kedua periode Kowa. Dunia telah bersatu di sekitar Federasi Bangsa-Bangsa yang bersatu kembali, dan telah menikmati hari-hari perdamaian yang berkelanjutan, tetapi sekarang, perdamaian itu tiba-tiba berakhir. Suzaku, saat bepergian sebagai pria bertopeng “Zero” yang menemani Nunnally dalam kunjungannya ke kamp pengungsian, dikalahkan oleh Knightmare Frame yang misterius, dan mereka berdua dibawa pergi. Mengikuti perintah rahasia dari Schneizel, Kallen, Lloyd, dan Sayoko menyusup ke Zilkistan, tanah para pejuang, di mana mereka diserang oleh pengguna Geass yang misterius. Di sana, di Zilkhstan, ada seseorang bernama C.C., yang dikenal oleh para penyerang sebagai “mantan tuan”. Di kerajaan yang gigih yang pernah menaklukkan bahkan pasukan besar Kekaisaran Britania Suci, apa yang diinginkan orang-orang? Harapan, atau keputusasaan? Orang-orang di istana Zilkhstan tentu tahu tentang Geass. Apa yang mereka, dan C.C., rencanakan?