Perang antara Euro-Britannia dan Uni Eropa terus berlanjut. Perintah baru diberikan kepada unit W-0 untuk mendarat di tengah wilayah musuh sebagai pengalihan. Pilot unit W-0 hanya terdiri dari komandan, Leila, satu-satunya orang Jepang yang selamat dari pertempuran terakhir mereka, Akito, dan tiga orang yang melarikan diri dari sebelas ghetto dan tinggal di dunia bawah, Ryou, Yukiya, dan Ayano. Dengan semua orang memegang harapan mereka masing-masing, operasi terus berjalan. Di sisi lain di Euro-Britannia, Shin, yang membuat dermawannya bunuh diri dengan kekuatan misterius “Geass”, ditunjuk sebagai pemimpin Knights of St. Michael. Saat Shin terus maju demi ambisinya sendiri, ia dan bawahannya di pasukan Ashura diberi perintah untuk dikerahkan. Orang yang hidup untuk bertarung, dan orang yang bertarung untuk hidup.